Con el objeto de estimular la investigación en Ciencias Biológicas, la Asociación concede anualmente:
- El premio “AGUILA DE LA CIENCIA” máxima distinción de la Asociación, a aquel miembro que a juicio de la Junta Directiva Nacional haya contribuido especialmente al desarrollo de las Ciencias Biológicas y la Investigación en el territorio Nacional (ver listado).
- El premio “HERNANDO PATIÑO” al mejor trabajo de estudiantes de pre-grado presentado en el Congreso anual.
- PERGAMINOS, para cada uno de los mejores trabajos expuestos en las Comisiones.
- DISTINCIONES, a los capítulos y Miembros en sus diferentes categorías de acuerdo a la reglamentación establecida para ello.